Horáková wurde als 48-Jährige am 27. Juni 1950 in einem Prager Gefängnis erhängt. Sie war die einzige Frau, die nach den berüchtigten Schauprozessen der 1950er Jahre hingerichtet wurde.
Dass sie in dem als Exempel gegen Oppositionelle geplanten Hochverratsprozess unnachgiebig blieb, trug dazu bei, dass die Schauprozesse dem Image des KP-Regimes mehr schadeten als nützten und machte sie schliesslich zur Märtyrerfigur der Demokratiebewegung. Der an der Prager Karls-Universität lehrende Historiker Petr Koura bemängelte am Donnerstag im TV-Nachrichtensender ČT24, dass das Gedenken an Horáková nach 70 Jahren zu einseitig auf ihre Rolle als Opfer eines Justizmordes ausgerichtet sei.
Dadurch gerieten ihre aktiven Verdienste in den Hintergrund, sagte Koura. Sie sei zunächst Widerstandskämpferin gegen den Nationalsozialismus während der deutschen Besatzung im Zweiten Weltkrieg gewesen. Als überzeugte Demokratin sei sie sich danach aber auch mit dem kommunistischen Regime in Konflikt gekommen. Horáková gilt auch als Vorkämpferin für Frauenrechte.